なかなか解決しないようで、恐れ入ります。

質問を頂く度に言い訳がましく書いていますが、ログ取得についてはサーバ環境やブラウザ種別などの影響を受けやすく、うまくいかないケースも起きやすいんです。

引用：ここは特に問題は無さそうです。

引用：はい、問題はありません。
詳細データは全カウント分が残るわけではありませんので。

引用：その場合は何らかのツールでデータベースを直接編集する必要があります。

なお、ユーザー別のカウントについては、ログイン毎にカウントしているのではなく、最近の詳細データからユーザーのアクセス数を数える形式となっています。
ですので、場合によってはカウント数が減っていく事もありえるものとなります。
今回のケースでは、データ数とカウント数からするとその影響ではないと思いますが…。