call_time_pass_referenceについては関数を使う場合の変数（パラメータ）の指定方法によるものです。
AmaxoopシリーズではXMLパースというPHPの機能を使っていますが、これがPHPのバージョンによってはWarningのエラーを招きます。
今のところ、このエラーのせいで誤動作やセキュリティ上の問題が起きるとは聞いていませんので、無視して頂くことで良いと思います。

これは、XOOPS本体ではなくAmaxoopTiny側の問題でしょうから、公式で聞かなかったことで正解でしょう。