Amaxoop2の管理画面でAmaxoopBlogとAmaxoopのデータを取り込むためのメニュー「データ以降」がありますので、それでやってください。
Amaxoop2をインストールし、見て頂ければ解ると思います。
＃AmaxoopBlogやAmaxoopがインストールされていないとメニューは出ません。

トラックバックデータやコメントは引き継げませんので、御了解ください。

一度やってみて頂くのが一番でしょう。
Amaxoop2をインストールしたからと言って、AmaxoopBlogの動作に影響することもありませんので。