いつも利用させていただいています。
早速質問なのですが、導入した各サイトで3〜5年経つとほとんどの場合解析画面が表示されない状態となり、タイトルの通りログのテーブルが20〜40MByteになっています。

もしかしたら当方の設定が悪いのかもしれませんが、データベースに保存する3000件っていうリミットが無効のような気もします。

解析画面が開けなくなったらこのテーブルをクリアすると見られるようにはなるのですが、これで正しい運用でしょうか。

確かにサイズが大き過ぎるようですね。

管理画面の「DBチェック」で確認とOPTIMIZEをやってみてください。