表題どおりなんですが、これの意味はあるのでしょうか？
バージョンアップさせてカテゴリの編集を行って初めて存在に気づいたのですが、もし変更しなかったらそちらの利益になっていたのでしょうか？
一般設定で指定するIDとどう違うのでしょうか？
お手数ですが教えてください。よろしくお願いします。

カテゴリ毎に別のアソシエイトIDを使用することができるものです。
例えば、複数の人がそれぞれのIDで商品紹介を行う、というような用途に用いることができます。
何も入力しなければ、自動的に一般設定のIDが使用されます。

引用：

それはありません。