本体バグではないとして、考えられることは以下の2点くらいだと思います。
ただ、再インストールしても状況が変わらないとしたら、これらでもなさそうですね。

１）
LogCounterXのカウント数は、基本的に保存ログ中から数えるようになっています。
そのため、ログ中の古いデータと新しいデータが入れ替わる際に、カウント数が進まないような現象が起きる可能性があります。

２）
詳細設定上の「対象外」により、たまたまユーザーさんがレポートから除外されてしまうことはあり得ると思います。
こちらの可能性は低いと思いますが…


あまり役に立ちそうもない気がしますが、一応書いてみました。
実際、ログ関連はアクセス環境が色々絡みますので、解明は難しいところなんです。