こんにちは。

》リンクがおかしくなっている部分については、テンプレートが壊れているように見えますね。
CCLinksをダウンロードし、テンプレートを全て入れ替え後アップデートしましたが、結果変わらずでした。

》システム関連のテーブルもExport/Inportをされたのであれば、それの影響は考えられます。
考えられる影響のヒントをいただけると助かります。

》管理画面でテンプレートを確認すれば、あるいは何か解るかもしれません。