一般論として考えられることを書かせていただきます。

まず、フィールドデータが干渉でずれることは無いでしょう。
同じテーブル名を別のモジュールが偶然使うと何が起きるかわかりませんが、むしろもっと悲惨な状態になるはずです。
＃と言うより、データの書き込み時点でエラーになり、間違いなく異常終了しますね。

プログラムのミスで起きることはありえます。
この場合、プログラム内で矛盾が発生したりして他のトラブルを併発しますから、私のような迂闊な人間でも気付きます。

可能性として外せないのが、何か別の方法でデータを移動させたような場合です。
この場合には、移動元と移動先のテーブルが同じ形式である前提で、値のみをコピーするような方法が採られる可能性があります。
このコピーの際に、バージョンアップや再インストールを挟んでいると、テーブル形式が変わっているのにも関わらず、従来の並び順でデータが挿入されてしまい、データずれる現象の原因になりえます。


それもこれも元はと言えば、バージョンアップでデータベース形式を変えるから起きるわけです。
開発側としても避けたいことなんですが、機能強化のために苦渋の選択を迫られることもあるものでして...。